Теплоход “Навигатор” спроектирован сухогрузным судном грузоподъемностью 3000 т, с двойным дном и двойными бортами в районе грузовых трюмов, ютом и баком.
Судно имеет надстройку и рубку в кормовой части. Для экипажа предусмотрены одноместные каюты, сауна и столовая.
В качестве донора использовалось судно пр. 21-88.
Корпус, изоляция, зашивка, стенки и выгородки надстройки и рубки изготовлены из негорючих материалов.
При переоборудовании увеличена грузоподъемность с 2000 т до 3000 т при сохранении длины, изменена архитектура судна, повышен класс РРР, судно приведено в соответствие с требованиями Международных Конвенций и РМРС. Вместо четырех трюмов предусмотрено два для возможности перевозки длинномерного груза.